मेघालय की गुफाओं में भारतीय राज्य मेघालय के जयंतिया, खासी हिल्स और गारो हिल्स जिलों में बड़ी संख्या में गुफाएं हैं, और यह दुनिया की सबसे लंबी गुफाओं में से एक हैं। भारत की दस सबसे लंबी और सबसे गहरी गुफाओं में से पहली नौ मेघालय में हैं, जबकि दसवीं मिजोरम में है। जयंतिया पहाड़ियों में सबसे लंबा क्रेम लियात प्राह है, जो 30,957 मीटर (101,600 फीट) लंबा है। स्थानीय खासी भाषा में "क्रेम" शब्द का अर्थ गुफा है। मेघालय की गुफाओं की खोज वर्तमान में वैज्ञानिक और मनोरंजक दोनों गतिविधियों के लिए की जाती है, और राज्य में अभी भी कई अस्पष्टीकृत और आंशिक रूप से खोजी गई गुफाएं हैं। मेघालय एडवेंचरर्स एसोसिएशन (एमएए) द्वारा आयोजित वार्षिक कैविंग अभियान "केविंग इन द एबोड ऑफ द क्लाउड्स प्रोजेक्ट" के रूप में जाने जाते हैं।

चूंकि वे मुख्य रूप से चूना पत्थर संरचनाओं में स्थित हैं, चूना पत्थर खनन उद्योग से गुफाएं खतरे में आ रही हैं

बंगाल गजट के अनुसार, क्रेम मावमलुह पहली गुफा थी जिसे 1844 में एक ब्रिटिश विषय, लेफ्टिनेंट यूल द्वारा खोजा गया था। गारो हिल्स में सिजू गुफा का अध्ययन 1922 में किया गया था जब 1,200 मीटर (3,900 फीट) की खोज की गई थी और गुफा जीवन रूपों की चार प्रजातियों की पहचान की गई थी।  ब्रिटिश राज काल के बाद राज्य में एक साहसिक खेल के रूप में कैविंग में व्यापक रुचि पैदा हुई है। 1990 के दशक से, मेघालय एडवेंचरर्स एसोसिएशन (एमएए) (शिलांग में स्थित) के रूप में जाना जाने वाला एक विशेष संगठन यूरोपीय स्पेलोलॉजिस्ट, भारत के कैवर्स, दुनिया के अन्य क्षेत्रों के विशेषज्ञों, भारतीय सेना और के सहयोग से वार्षिक अन्वेषण कर रहा 

भारतीय नौसेना,  देश के अन्य ज्ञात करास्ट क्षेत्रों के सापेक्ष, मेघालय में बड़ी संख्या में और गुफाओं की लंबाई को प्रकाश में ला रही है।

मार्च 2015 तक, मेघालय में 1,580 गुफाओं और गुफाओं के स्थानों की पहचान की गई है, जिनमें से 980 गुफाओं को पूरी तरह या आंशिक रूप से खोजा गया है, कुल लंबाई 427 किलोमीटर (265 मील) गुफाओं की खोज की गई है।  30,957 मीटर (101,565 फीट) की खोजी गई लंबाई के साथ, जयंतिया हिल्स में क्रेम लियात प्राह मेघालय और साथ ही भारत की सबसे लंबी गुफा है, और दुनिया की सबसे लंबी गुफाओं में सूचीबद्ध है।  क्रेम लियात प्राह में "विमान हैंगर" नामक एक विशाल मार्ग है।  चूंकि एमएए की स्थापना 1994 में हुई थी, इसलिए खोजी गई गुफाओं में मेघालय राज्य में कुल भूमिगत मार्ग का केवल 5% हिस्सा है।

सीमेंट उद्योग के लिए चूना पत्थर खनन मेघालय की गुफाओं के लिए एक बड़ा खतरा है,  जिससे क्रेम मावमलुह गुफा, मेघालय राज्य की सातवीं सबसे लंबी गुफा का एक बड़ा पतन हो गया। "केव-इन" ने समृद्ध वैज्ञानिक, पर्यटन और पारिस्थितिक विरासत के लिए संभावित खतरे के खनन स्थानों के बारे में सार्वजनिक जागरूकता को प्रेरित किया। राज्य में चूना पत्थर की गुफाओं के आसपास के क्षेत्र में चूना पत्थर खनन को रोकने के लिए प्रभावी कदम उठाने के लिए पारिस्थितिकीविदों और स्पेलोलॉजिस्ट ने मेघालय सरकार पर दबाव डाला। 1990 के दशक के मध्य में, गारो हिल्स में बलफकरम राष्ट्रीय उद्यान के पास सिजू गुफा (जिसे बैट गुफा कहा जाता है) के पास एक सीमेंट संयंत्र की योजना बनाई गई थी। 

इस परियोजना ने अंतरराष्ट्रीय वैज्ञानिकों द्वारा समर्थित स्थानीय समुदाय से मजबूत विरोध उत्पन्न किया, क्योंकि गुफा में चमगादड़ों की कई दुर्लभ प्रजातियां हैं। जनता के काफी दबाव के बाद, पर्यावरण और वन मंत्रालय ने अंततः परियोजना के लिए मंजूरी रोक दी।

खासी पहाड़ी क्षेत्र की मूसलाधार बारिश के परिणामस्वरूप मौसमई गुफा का विकास हुआ था। मौसमई गुफाएं चूना पत्थर से बनी हैं और मेघालय की एकमात्र गुफा हैं। गुफा में एक विस्तृत प्रवेश द्वार है, लेकिन यह जल्दी से एक संकरे रास्ते में संकरी हो जाती है। गुफा की लंबाई सिर्फ 150 मीटर है जो इस क्षेत्र की अन्य गुफाओं की तुलना में सबसे लंबी नहीं है, लेकिन यह निश्चित रूप से भूमिगत जीवन की एक झलक प्रदान करती है। मेघालय और साथ ही भारत की सबसे लंबी गुफा है, और दुनिया की सबसे लंबी गुफाओं में सूचीबद्ध है।